1950년대 초, 방화리, 송정리에는 김포비행장 건설로 피난민을 비롯한 많은 노동자들이 모여 살았고, 큰 축산물 시작이 있어 농민 상인들 간의 왕래가 빈번하였다. 이런 일상 속에서, 신자들간의 친교가 자연스레 이루어졌고, 1955년 여름, 신자 대표로 최두국 안당씨가 김포본당 신원신루가 신분님을 찾아가, 방화리에 공소를 설치 해줄 것을 건의 하였다. 이렇게 신앙의 씨는 뿌려졌고 공소신자들은 먼거리에 있는 당산동 본당과 김포본당, 미 공군 성당을 오가며 미사참례를 하곤 했다. 마침내 신자들은 방화리 공소집을 마련하였고, 오곡리, 오쇠리, 가양리등 먼거리의 신자들이 찾아왔다. 신자수가 점검 증가하여 공소로는 미사집전이 어렵게 되자, 신자들의 봉헌과 브레난 신부님등의 도움으로 1966년 2월에 새성당을 건립하였고, 그해 12월 14일 공항동 성당 설립일로 정했다


초대 김철규 바르나바 신부님과 2대 임응승 요한신부님의 헌신적인 사목활동에 힘입어 공소 시절부터 시작된 신앙의 씨앗이 점차 싹터 오르기 시작하였다. 이 당시 사목구역은 공항동, 방화동, 개화동, 과해동, 침산동, 마곡동, 양촌동, 신곡동까지 이루고 있었다.


1974년 3대 신부 박고빈 시메온 신부님이 부임하였고, 우리나라 최초의 노인 학교를 설립하고, 방지거유치원 등을 세워 신자들의 신엉적 시야를 넓혀 주었다. 또한 5대 장덕범 바오로 신부님 부임 기간에는 조선교구설정 150주년 기념, 한국천주교회 200주년 기념, 103위 성인 시성식이 있었기 때문에 신자들의 활동은 그 어느 때보다도 활발했고, 신자 수도 증가하였다. 이러한 가운데 김포공항 확장으로 인하여 새로운 곳으로 본당을 이전하게 되엇고, 새 성전 신축이라는 막중한 임무를 지니고 6대 조학문 바오로 신부님이 부임하였다.
성전 신축에 모든 신자들이 열성을 다 하였고, 지금의 자리인 공항동 691번지에 신축공사가 시작되었다. 바자회를 거행하여 성금을 마련하고 성전 제대 뒷부분의 벽을 장식할, 호박돌을 수집하는 등, 전 신자가 하나 되어, 1989년 5월 13일에 김수환 추기경님을 모시고 준공식과 축성미사를 올리게 되었다.

1990년 9월, 7대 배갑진 베드로 신부 시대가 시작 되엇다. 이때에는 방화동 아파트 단지가 개발되면서 본당의 신자 수가 증가하였다. 본당 내에 영안실을 설치하여 본당 신자들은 물론 지역사회에 크게 공헌하였다.

1995년 3월 17일에 부임한 8대 유재국 신부는 프랑스 파리에서 유학을 하고 응암동, 청담동, 세종로, 불광동 본당 주임 신부로 부임하였다. 팽장된 공항동 본당을 분당하기 위하여 방화동3동에 새로운 성전ㅇ르 신축하기 위한 계획에 착수하였다. 본당 창립 30주년 행사를 하였고 공항동 본당 30년사를 편찬하였다.

1998년 10월 9일에 심흥보 신부가 9대 주임 신부로 본당에 부임하였다. 본당을 분할하여 방화 3동 본당을 신설하고 주임대리로 최부식 신부를 위임하였다 2000년 1월에 프란치스코 어린이 집을 건립하기 시작하였고 신자들의 적극적인 지원 아래 그해 11월 1일 10시 프란치스코 어린이집을 완공하여 개원하였다.

2003년 9월에 부임한 10대 최원석 프란치스코 신부의 일치와 화합, 사랑의 공동체 본당 단체 활성화, 소공동체 활성화로 정하고 사목 활동을 하였다. 선교와 신자들의 건강한 신항생활을 위하여 프란치스코 축구단을 창설하였다. 성전 보수 공사를 하였으며 본당 설립 40주년 행사를 하였다. 성경 필사, 사진 및 자료 전시회, 바자회, 구역대항 장기자랑, 전 신자 체육대회 등을 가졌다.

111대 주임신부로 부임한 전경표 아브라함 신부님은 선교에 큰비중을 두어 선교추진위원회가 구성하고 공항동 방화동의 가두에서 선교활동을 하였다. 그리하여 2009년도에는 세례자는 319명으로 큰 성과를 거두었다. 전 신자가 배론 성지로 순례를 다녀왔고, 남성 신자들의 1박 2일 도보 성지순례도 하였다. 세대주 미사 신설하여 남성 신자들의 모임을 자주 가졌다.

12대 주임신부로 부임하신 이동익 레미지오 신부님은 프란치스코 교황 방안, 124위 시복미사에 신자들과 함께 참여하였고, 당진에서 있는 '신리성지'로 전신자 일치를 위한 성지순례를 거행하였다. 가정생명분과와 가족미사 신설하고 태아 축복미사와 신생아 축복식을 하고 있다. 그리고 나눔의 공동체를 만들어 장학사업을 실시하고 독거노인 돌보기, 불우 이웃돕기를 하며 이웃사랑을 실천하고 있다.

2016년에는 본당 설립 50주년을 맞이하여 어르신 공경잔치와 리모델링공사, 사진작품전 및 바자회를 거행하고, 전신자 성경필사, 한마음 체육대회를 실시하였다. 또한 새신자 500명 모시기, 묵주기도 200만단 바치기, 50년사 편찬 사업, 학술대회를 가지며 10월 23일에는 추기경님을 모시고 본당 설립 50주년 기념미사가 봉헌되었다.